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4.772分生信分析:开发一种新的免疫相关基因特征来预测胃癌的预后和免疫治疗效率
来源: | 作者:生信博士 | 发布时间: 2022-09-24 | 612 次浏览 | 分享到:

题目:Development of a Novel Immune-Related Gene Signature to Predict Prognosis and Immunotherapeutic Efficiency in Gastric Cancer

杂志:Front Genet

日期:2022年5月27日

Doi: 10.3389/fgene.2022.885553

 

背景:胃癌(GC)是全球第五大*常见的恶性肿瘤和第三大肿瘤相关死亡原因。在此,作者试图建立一种新的免疫相关基因 (IRG) 标记,可以预测 GC 患者的预后和免疫治疗效率。

 

方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载GC的mRNA转录数据和相应的临床数据作为训练组,GSE84437数据集作为测试队列,然后从InnateDB资源和ImmPort数据库中获取IRG。使用单变量 Cox 回归分析,开发了 IRG 基因特征。进行了几项免疫基因组分析,以说明免疫风险评分与肿瘤突变负荷、免疫细胞浸润、免疫浸润功能、临床特征、免疫亚型和免疫治疗反应之间的关联。

 

 

结果:对 TCGA 数据库中的 343 份 GC 样本和 30 份正常样本的分析产生了 8,713 个差异表达基因 (DEGs) 和 513 个差异表达免疫相关基因 (DEIRGs)。新的 IRG 特征包含 8 个 DEIRG(FABP4、PI15、RNASE2、CGB5、INHBE、RLN2、DUSP1 和 CD36),被发现可作为 GC 的独立预测和预后因素。然后,根据中位风险评分将GC患者分为高危组和低危组,其中低危组比高危组预后更好,对免疫治疗更敏感。根据时间依赖性 ROC 曲线和 AUC,该特征的免疫治疗价值优于肿瘤免疫功能障碍和排除 (TIDE) 和 T 细胞炎症特征 (TIS) 评分。此外,预测 1 年、2 年和 3 年 OS 的风险评分的 AUC 分别为 0.675、0.682 和 0.710,这表明该特征具有很强的预测能力。

 

结论:研究提出了一种基于肿瘤免疫微环境的新型 IRG 特征,可以提高对 GC 患者预后和免疫治疗效率的预测。强大的特征可以作为新的生物标志物,并为临床实践中的精准肿瘤学提供治疗靶点。