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6.081分生信分析:综合分析 TRP 通道相关基因评估食管鳞状细胞癌患者的免疫微环境、预后和治疗效果
来源: | 作者:生信博士 | 发布时间: 2022-08-26 | 528 次浏览 | 分享到:

题目:Comprehensive Analysis of TRP Channel-Related Genes for Estimating the Immune Microenvironment, Prognosis, and Therapeutic Effect in Patients With Esophageal Squamous Cell Carcinoma


杂志:Front Cell Dev Biol


日期:2022年5月4日


Doi: 10.3389/fcell.2022.820870


背景:TRP 通道温度敏感受体是人类检测温度能力的核心,它们在癌症的发生和发展中也发挥着至关重要的调节作用。尽管如此,还没有关于TRP通道在食管鳞状细胞癌 (ESCC) 患者中的预后意义的研究。


方法: GEO 和 TCGA 队列中,首先基于从 MSigDB 数据库和 KEGG 数据库中提取的 18 个 TRP 通道相关差异表达基因 (DEG) 进行无监督聚类。确定了两种 TRP 亚型,B 亚型患者在这两种亚型中预后较好。不同亚型之间的分期和分级存在显着差异。


结果: GEO 队列中,进行单变量 Cox 分析以筛选预后相关基因。通过LASSO回归生信分析构建了一个 TRP 通道相关的预后特征,其中包括 7 个特征相关基因。根据中位风险评分将患者分为高危组和低危组。在 GEO 和 TCGA 队列中,ROC曲线、主成分分析 (PCA) 以及单变量和多变量 Cox 回归进行了确认有效性。在基于风险特征对 TME 进行更深入的研究后,发现高风险组具有更高的免疫细胞浸润和更低的肿瘤纯度,表明预后不良。具有高风险评分的患者的免疫检查点表达也增加,这表明这些患者可能比其他患者更有可能从免疫治疗中受益。还发现紫杉醇、顺铂和 5-氟尿嘧啶在治疗低危 ESCC 患者中表现出更好的反应。


结论:总之,确定了一个与 TRP 通道相关的预后特征。该特征可以预测 ESCC 的预后和免疫微环境。